Wydział Ochrony Przyrody i Obszarów Natura 2000 

Do zadań Wydziału należy zarządzanie i koordynowanie zasobami przyrody w celu zachowania zrównoważonego użytkowania oraz odnawiania zasobów, terenów i składników przyrody. Do podstawowych zadań należy m.in.: prowadzenie rejestru form ochrony przyrody, przygotowanie projektów zarządzeń Regionalnego Dyrektora w sprawie rezerwatów przyrody, prowadzenie spraw związanych z przygotowaniem i zatwierdzeniem zadań ochronnych oraz planów ochrony dla rezerwatów przyrody, prowadzenie spraw dotyczących zezwoleń na odstępstwa od zakazów, obowiązujących w rezerwatach przyrody. Ponadto Wydział jest odpowiedzialny za prowadzenie spraw dotyczących zezwoleń na odstępstwa od zakazów obowiązujących w stosunku do gatunków dziko występujących roślin, zwierząt lub grzybów objętych ochroną gatunkową, prowadzenie spraw dotyczących sporządzania projektów planów zadań ochronnych i planów ochrony dla obszarów Natura 2000, a także wydawanie opinii i dokonywanie uzgodnień w toku prowadzenia procedury strategicznych ocen oddziaływania na środowisko, uzgadnianie projektów decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu oraz projektów miejscowych planów zagospodarowania przestrzennego i studium uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego gmin, w odniesieniu do form ochrony przyrody, z wyłączeniem parku narodowego i jego otuliny. Wydział prowadzi obsługę organizacyjną Regionalnej Rady Ochrony Przyrody w Kielcach.

Wydział Ocen Oddziaływania na Środowisko 

Do właściwości Wydziału należy prowadzenie postępowań w sprawie wydawania decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach, wydawania opinii w toku postępowań w sprawie wydania decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach oraz uzgodnień w toku oceny oddziaływania przedsięwzięcia na środowisko prowadzonych przez inne organy oraz współdziałanie z Regionalną Komisją do Spraw Ocen Oddziaływania na Środowisko.

Wydział Zapobiegania i Naprawy Szkód w Środowisku oraz Informacji o Środowisku i Zarządzania Środowiskiem

Wydział prowadzi postępowania w dziedzinie zapobiegania i naprawy szkód w środowisku, zarządzania środowiskiem na terenach zamkniętych. Udostępnia informacje publiczne, w tym informacje o środowisku i jego ochronie. Prowadzi Biuletyn Informacji Publicznej oraz serwis internetowy Regionalnej Dyrekcji. Realizuje zadania z zakresu zarządzania i rozwoju systemu informacji przestrzennej w Regionalnej Dyrekcji. Ponadto Wydział odpowiedzialny jest za szacowanie szkód wyrządzonych przez zwierzęta objęte ochroną gatunkową, w tym bobry i wilki, a także wydawanie zezwoleń na odstępstwa od zakazów obowiązujących w stosunku do bobra europejskiego.

Wydział Organizacyjno–Finansowy

Wydział odpowiada za obsługę organizacyjną, administracyjną, kadrową i finansową urzędu.

Struktura organizacyjna Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Kielcach