Pierwszym wspólnotowym aktem dotyczącym ochrony przyrody była dyrektywa Rady 79/409/EWG z dnia 2 kwietnia 1979 r. w sprawie ochrony dzikiego ptactwa (Directive 79/409/EEC on Wild Birds), w skrócie zwana Dyrektywą ptasią. Dyrektywa ta była wielokrotnie zmieniana, dlatego też w 2009 r. została zastąpiona nową dyrektywą - dyrektywą Parlamentu Europejskiego i Rady 2009/147/WE z dnia 30 listopada 2009 r. w sprawie ochrony dzikiego ptactwa. Zasadnicze cele dyrektywy to: ochrona i zachowanie wszystkich gatunków ptaków naturalnie występujących w stanie dzikim w Unii Europejskiej, prawne uregulowanie zasad handlu i pozyskiwania ptaków łownych.

Polska podpisując Traktat Ateński 16 kwietnia 2003 r., stanowiący podstawę prawną przystąpienia kraju do Unii Europejskiej, zobowiązała się do wyznaczenia na swoim terytorium sieci Natura 2000. Przepisy unijne stanowiące podstawę dla tworzenia sieci Natura 2000 zostały wprowadzone do polskiego prawa wraz z opublikowaniem ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody.

Przygotowania do wprowadzenia sieci Natura 2000 w Polsce rozpoczęły się już w końcu lat 90. Przygotowano wówczas wstępne analizy zasobów siedlisk i gatunków wymagających ochrony. Prowadzone były także negocjacje na temat uzupełnienia przepisów unijnych o siedliska i gatunki wymagające ochrony w Polsce, a nieobecne w krajach starej Unii Europejskiej i w konsekwencji też nie objęte ochroną ówczesnego prawa unijnego. W działaniach tych uczestniczyli przede wszystkim naukowcy z Instytutu Ochrony Przyrody Polskiej Akademii Nauk z Krakowa i urzędnicy Ministerstwa Środowiska.

Eksperci z Centrum Informacji o Środowisku i Instytutu Ochrony Przyrody w Krakowie opracowali w 2001 r. "Koncepcję sieci Natura 2000 w Polsce". Dokument ten zawierał wstępną identyfikację, opisy obszarów, wykazy siedlisk i gatunków oraz form ochrony na obszarach rekomendowanych do sieci, także mapy przedstawiające lokalizację tych obszarów. W propozycji tej obszary wyróżniające się pod względem przyrodniczym zajmowały 13,5% powierzchni kraju.

W latach 2002-2003 koncepcja sieci Natura 2000 w Polsce rozwijana była przez Narodową Fundację Ochrony Środowiska współdziałającą z Instytutem Ochrony Przyrody Polskiej Akademii Nauk w Krakowie oraz Zakładem Ornitologii Polskiej Akademii Nauk w Gdańsku i Centrum GRID Warszawa. Naukowcy z tych ośrodków otrzymywali dane od Wojewódzkich Zespołów Realizacyjnych, grup specjalistów, głównie przyrodników powołanych przez wojewodów do tworzenia koncepcji sieci w poszczególnych województwach. Dane te były zestawiane w formularzach wymaganych przez Komisję Europejską.

W 2004 r. przeprowadzone zostały konsultacje społeczne, w trakcie których samorządy powszechnie wyraziły sprzeciw dla przedstawionych propozycji., niemniej w maju 2004 r. rząd polski przekazał Komisji Europejskiej koncepcję sieci obszarów siedliskowych Natura 2000, a w lipcu 2004 r. ukazało się rozporządzenie wyznaczające ostoje ptasie.

Ograniczenie sieci Natura 2000 spowodowało niezadowolenie środowisk eksperckich i organizacji pozarządowych zaangażowanych wcześniej w jej tworzenie. Efektem tego była publikacja w grudniu 2004 r. tzw. listy cieni (Shadow List) obszarów Natura 2000. Opracowanie to zawierało krytyczny przegląd zatwierdzonego projektu oraz propozycje uzupełnienia sieci Natura 2000 adekwatnie do kryteriów unijnych.

Komisja Europejska wystosowała do polskiego rządu ostrzeżenie w związku z niedostatecznym poziomem wdrożenia sieci Natura 2000. Wobec braku zdecydowanych działań naprawczych ze strony Polski, w kwietniu 2006 r. rozpoczęła "procedurę naruszeniową". W grudniu 2006 r. Komisja Europejska wystosowała tzw. uzasadnioną opinię w odniesieniu do naruszenia Dyrektywy ptasiej, przez nie wyznaczenie odpowiednich obszarów ptasich, co było ostatnim krokiem przed skierowaniem skargi do Trybunału Sprawiedliwości Wspólnot Europejskich w Luksemburgu. Ponieważ i to nie dało oczekiwanych efektów w grudniu 2007 r. Komisja wniosła do Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości skargę dotyczącą wyznaczenia niewystarczającej liczby obszarów specjalnej ochrony ptaków przez Polskę.

Stanowisko Komisji Europejskiej spowodowało, że sieć Natura 2000 była sukcesywnie uzupełniana w kolejnych latach. Równocześnie także w miarę gromadzenia nowych danych dopracowywana była też Shadow List.

Do końca 2008 r. rząd Polski wyznaczył w drodze rozporządzenia 141 obszarów specjalnej ochrony ptaków oraz wysłał do Komisji Europejskiej 364 propozycje specjalnych obszarów ochrony siedlisk. Komisja Europejska decyzjami z listopada 2007 r., stycznia oraz grudnia 2008 r. zatwierdziła te obszary jako obszary mające znaczenie dla Wspólnoty, w wyniku czego stały się one "pełnoprawnymi" obszarami Natura 2000.

W 2008 r. podjęte zostały prace nad kolejnym rozszerzeniem sieci specjalnych obszarów ochrony siedlisk. We wszystkich województwach powołano Wojewódzkie Zespoły Specjalistyczne, złożone z ekspertów, które opracowały projekt rozszerzenia sieci. 29 października 2009 r. Minister Środowiska przesłał do Komisji Europejskiej listę 454 nowych obszarów i 77 powiększeń obszarów już istniejących. W rezultacie siedliskowa część sieci wzrosła do 823 obszarów pokrywając ok. 11% powierzchni lądowej Polski. W dniach 24-25 marca 2010 r. odbyło się Bilateralne Seminarium Biogeograficzne weryfikujące kompletność sieci specjalnych obszarów ochrony siedlisk w Polsce, podczas którego strona polska odebrała gratulacje od Komisji Europejskiej za znaczne przyśpieszenie prac, wynikające z działalności Generalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska przez co proces wyznaczania sieci Natura 2000 w Polsce został uznany za zakończony.

Obecnie w Polsce sieć Natura 2000 zajmuje prawie 1/5 powierzchni lądowej. W jej skład wchodzi 849 obszarów mających znaczenie dla Wspólnoty (obszarów "siedliskowych" - przyszłych specjalnych obszarów ochrony siedlisk), a także  145 obszarów specjalnej ochrony ptaków.

• Historia wyznaczania obszarów specjalnej ochrony ptaków
• Historia przekazywania i zatwierdzania listy obszarów mających znaczenie dla Wspólnoty